It's a protection system against terrorist threat against military facilities.

force protection condition についてはつぎに良い説明があります（英語）。http://en.wikipedia.org/wiki/Force_Protection_Condition

要するに基地など、軍事関係の施設において、どれだけの対テロリスト防衛が必要かということを国防総省が決め、それに対してとる手段を、予想されたテロの脅威に沿って決める、その*状態*がforce protection condition です。

軍事施設その他軍関係でなく、市民に対する攻撃（911のような）には別のconditionがあります。

http://www.ryukyu.ne.jp/~miyagiei/nishi-saco_bun.htm
http://www.yumeyumeyume.net/

Wikipediaの説明によると、アメリカの軍事施設に対してテロリストによる攻撃がなされた場合、これに対してどの程度の対策をとるべきかということを、Normal、Alpha、Bravo、Charlie、Deltaと段階的に表示するものがFPCONということですから、Force（部隊、軍事施設）をProtect（保護、防衛）するcondition（条件、態勢）ということになるでしょう。9/11の際の、赤とかオレンジといった対テロ警戒レベルの色分けのようなものでは。

http://en.wikipedia.org/wiki/Force_Protection_Condition
In United States security, Force Protection Condition (FPCON for short) is a terrorist threat system overseen by the Department of Defense directive, and describes the amount of measures needed to be taken by security agencies in response to various levels of terrorist threats against military facilities

これと類似の概念として、DEFCON（Defence readiness Condition）というものがあり、これは平時の防衛準備態勢レベルを表すもので、日本語では通称「デフコン」というみたいです。Wikiのデフコンの説明も参考になるかもしれません。
http://ja.wikipedia.org/wiki/デフコン
デフコン（Defcon）とは、Defense Readiness Conditionの略。通常は戦争への準備態勢を5段階に分けたアメリカ国防総省の規定を指す。