基本は「ここにて明示的に修正あるいは削除されたRegulations は、this company に適用される」となり、そこにregulations の修飾語や、as (the regulations) are applicable to Private Limited Company が入ります。

これはどこの国の文書ですか？構文を考えると、hereby modified or excluded はthe Regulations にかかりますが、それなら as are herebyと複数形 になるべきですし、shall have ときたら、applied になるか、shall apply になるべきです。本来はshall apply と思います。おそらく、 shall, as have been hereby modified or excluded, apply... と書くはずだったものと思います。