Barend van Zadelhoff Nov 23, 2014:

What about :-) onderling verspringende dubbelstrengsnicks

STAGGERED NICK. A form of DNA double-stranded break that produces 3'- or 5'-protruding ends

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 23, 2014:

Barend en Freek ook hartelijk bedankt voor jullie bijdragen! Gezien de context maak ik er "verspringende onderbrekingen" van, met "staggered nicks" tussen haakjes.

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Michiel Wat mij betreft, ik waag me aan geen enkele bevestiging of ontkenning momenteel.
Dit onderwerp zou wel eens veel heterogener kunnen zijn dan ik besef.

Wat ik je zou kunnen aanraden is om je specifiek op je eigen context te concentreren en te kijken wat daarbinnen aan de hand is, mogelijk brengt je dat tot een bevredigende oplossing.

Als dit op Google intikt krijg je enorm veel hits:

"mutated plasmid containing staggered nicks"

Je moet er achter zien te komen wat die 'staggered nicks' zijn binnen die specifieke context.

Ik heb er niet de vinger op kunnen leggen en heb verder geen tijd nu.

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 18, 2014:

Of toch beter... 'verspringende onderbrekingen (in de strengen)' omdat 'breuken' doet denken aan schade. Het blijft een lastige...!

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 18, 2014:

Bedankt voor deze toelichting, Titia. Als ik je verhaal goed volg, dan vermoed ik dat het in mijn geval breuken zijn, die anders dan door enzymwerking ontstaan zijn: het gemuteerde plasmide met staggered nicks ontstaat na het inbouwen van de primers.
Dan denk ik dat de constructie 'verspringende breuken ("staggered nicks")' op zijn plaats is. Wat vind jij, Titia?

Titia Meesters Nov 18, 2014:

afstand Klopt dus, Michiel, de afstand is belangrijk, en dan vooral om te zien of er sprake is van 1 of 2 knipplaatsen. Restrictie-enzymen hebben normaal gesproken een targetvolgorde van pakweg 4-8 basen (al zullen er vast heel wat handige enzymen bijgekomen zijn sinds ik me met dit knip- en plakwerk vermaakte... ).

Titia Meesters Nov 18, 2014:

nicks of knippen Zie de wikipedia-ref 'cleavage vs nick' van Barend: de binding tussen twee aangrenzende basen in 1 streng is bij een nick verbroken, dit kan zowel toevallig als door enzymwerking zijn ontstaan. Bij toeval (en in 2 strengen) noem je het een breuk, die zit op een willekeurige plaats, maar bij enzymwerking een knip. (cleavage is volgens mij een veel algemenere term, splitsing zou ik hier niet gebruiken). Als je DNA met een bepaald restrictie-enzym op een specifieke plaats knipt, krijg je inderdaad 'sticky ends'. Het uiteinde van 1 streng is dan een paar basenparen langer dan de andere streng, en door de gespiegelde volgorde aan het uiteinde van een ander, met hetzelfde enzym geknipt stuk DNA, kan je de twee matchende 'sticky ends' dan weer met DNA-ligase aan elkaar 'plakken'. In het geval van het pnas-artikel gaat 'staggered nicks' echter over twee van zulke knippen door restrictie-enzymen, die een paar honderd basenparen uit elkaar liggen, waarna de strengen van het tussenliggende DNA-deel met exonuclease van elkaar losgemaakt worden. Je moet dus wel oppletten of je het over 1 of 2 knippen hebt. Ik zou zelf 'nick' overigens laten staan, om verwarring te voorkomen.

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Bij dubbelstrengsbreuken (DSB's) zijn beide strengen van de dubbele helix van het DNA verbroken. Dat is een vorm van schade die ingrijpende gevolgen kan hebben, omdat ze kan leiden tot genetische recombinatie. Er zijn twee mechanismen waardoor DSB's gerepareerd kunnen worden: "non-homologous end joining" (NHEJ) en herstel door middel van recombinatie.

http://nl.wikipedia.org/wiki/DNA-schade#Dubbelstrengsbreuken

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 18, 2014:

Of zit 't 'm in de afstand tussen de knippen? Ik kan me namelijk voorstellen dat als er weinig baseparen tussen de staggered nicks zitten (en daarmee weinig overlap of 'kleefkracht' in het gebied tussen de nicks), het plasmide eerder geneigd zal zijn om open te gaan tot lineair dsDNA met 'sticky ends' en er dus sprake is van 'staggered cleavage'. Maar ik ben geen expert op dit gebied...

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Het probleem is dat je een term moet hebben die (enigszins) bekend is in het veld.

Titia, heb jij er nog iets aan toe te voegen?

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Definition
STAGGERED NICK. A form of DNA double-stranded break that produces 3'- or 5'-protruding ends

Het verschil tussen 'staggered nick' en 'staggered cleavage' zit hem misschien alleen in de 'wijze van knippen'

Restrictie-enzymen:

- Naamgeving van restrictie-enzymen Enzym wordt genoemd naar bon (bacterie, stam, historisch nummer) EcoRI, HindIII..
- Wat zijn de meest voorkomende lengtes van de palindroom herkenningssequenties? 4-8 bp
- Verschil tussen ‘blunt end’ en ‘sticky end’ restrictie-enzymen kennen Rechte breuk is een blunt end en een scheve breuk is een sticky end

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 18, 2014:

@ Barend Dit pleit mijns inziens voor 'verspringend' als vertaling van 'staggered': in dit geval 'vier basen verspringende' nicks.

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

This is a nice one: Clear images

Figure 3
(A) DNA topoisomerase II cleavage sites identified in vitro. The DNA topoisomerase II homodimer creates four-base staggered nicks in duplex DNA.

Cleavage assays indicated that MLL position 2,160 is at the 5′ side (−1 position) of a cleavage site on the sense strand.

The corresponding cleavage site on the antisense strand staggered by four bases from MLL position 2,160 is position 2,164 (Left, red).

Cleavage assays indicated that AF-4 position 7,403 is at the 5′ side (−1 position) of a cleavage site on the sense strand.

The corresponding cleavage site on the antisense strand staggered by four bases from position AF-4 position 7,403 is position 7,407 (Right, blue). (B and C)

Models for processing of four-base 5′ overhangs of DNA topoisomerase II cleavage sites in MLL and AF-4 to generate observed der(11) and der(4) genomic breakpoint junctions.

http://www.pnas.org/content/98/17/9802/F3.expansion.html

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Transformatie en klonen van DNA, stel: fragment X.
Het plasmide wordt nu met een bepaald restrictie-enzym geknipt. Fragment X wordt met hetzelfde enzym geknipt en dit wordt gemengd. Per definitie zijn de overhangende uiteinden [dit klinkt als die sticky ends; BvZ] compatibel → hybridisatie is mogelijk, en dit zal plaatsvinden. DNA-ligase sluit de nicks. Wanneer je deze bacterie nu uitplaat op een bodem met een bepaald antibioticum, zullen de bacteriën die géén plasmide hebben opgenomen, worden uitgeselecteerd.

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

 Base-excision-repair → een reparatiemechanisme dat veranderingen in basen kan herstellen, die te wijten zijn aan oxidatie of chemische modificatie. Het werkt als volgt:
 DNA-glycosylasen → enzymen die de N-glycosidebinding kunnen verbreken na het herkennen van de foute basen. Een specifiek voorbeeld is het Uracil DNA-glycosylase; dit enzym kan een uracil uit het DNA verwijderen: er ontstaat een a-purine/a-pyrimidine (de AP-site)
 Een AP-endonuclease herkent de AP-site en zal de esterbinding tussen de 5’-C en het 3’OH verbreken van het vorige nucleotide
 Fosfodiësterase → een enzym dat langs de 3’ kant van de suiker knipt: er ontstaat een opening met een vrij 3’OH wat kan worden herkend door DNA-polymerase I (herstelpolymerase) als een primer. Enkele nucleotiden worden vervangen, waardoor de opening in het DNA verschuift naar een 3’.
 DNA-ligase kan nu de nick sluiten. (Illustratie op blz. 43)

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Ik zat nog even te zoeken en vond dit:

A nicking enzyme (or nicking endonuclease) is an enzyme that cuts one strand of a double-stranded DNA at a specific recognition nucleotide sequences known as a restriction site. Such enzymes hydrolyse (cut) only one strand of the DNA duplex, to produce DNA molecules that are “nicked”, rather than cleaved.

http://en.wikipedia.org/wiki/Nicking_enzyme

Barend van Zadelhoff Nov 18, 2014:

Hier is de Engelse tegenhanger van restrictie-enzym.

Daarin betekent cleavage site knipplaats/de plaats waar het DNA wordt geknipt

A restriction enzyme (or restriction endonuclease) is an enzyme that cuts DNA at or near specific recognition nucleotide sequences known as restriction sites.[1][2][3] Restriction enzymes are commonly classified into three types, which differ in their structure and whether they cut their DNA substrate at their recognition site, or if the recognition and cleavage sites (dus: knipplaats) are separate from one another. To cut DNA, all restriction enzymes make two incisions, once through each sugar-phosphate backbone (i.e. each strand) of the DNA double helix.

Je ziet cut, cleavage and incision wordt hier in één zin voor dezelfde actie van restrictie-enzymen gebruikt.

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 18, 2014:

@Barend Bedankt voor je bijdragen! Je laatste referentie laat zien dat 'knip' ook gebruikt wordt voor 'cleavage' (wat ik overigens 'splitsing' zou noemen). Dan leidt het wellicht tot verwarring als we een 'nick' ook een 'knip' gaan noemen (zie suggestie van Titia).

Barend van Zadelhoff Nov 17, 2014:

scheve knip staggered cleavage - scheve knip

Een restrictie-enzym of restrictie-endonuclease is een knipenzym dat in staat is om op bepaalde plaatsen DNA in stukken te knippen. Type II volgt een bepaald palindroom van vier, zes of acht baseparen. De knip kan scheef (sticky ends/"klevende einden") bijvoorbeeld Eco RI, of recht zijn (blunt ends/"stompe einden") bijvoorbeeld Alu I. Sticky Ends binden makkelijker.

http://nl.wikipedia.org/wiki/Restrictie-enzym

Barend van Zadelhoff Nov 17, 2014:

Also see for 'staggered': Fig. 39.12. Staggered cleavage of a double stranded DNA fragment, producing single stranded sticky ends.

And:

Fig. 39.13. Cloning of a DNA segment in a plasmid vector (e.g. pBR322) by staggered cleavages, both in vector DNA and foreign DNA to be cloned

Barend van Zadelhoff Nov 17, 2014:

staggered cleavage Palindromes and staggered cleavage

This is the most common method, where due to the presence of a palindromic sequence, a restriction enzyme causes staggered cuts producing short complementary single stranded sticky ends (a palindromic sequence is one, which has complementary sequences at the two ends of a single strand, e.g. ATC—GAT). This can be illustrated using the example of enzyme EcoRl, which cuts the sequences at specific positions (Fig. 39.12). When another DNA molecule is similarly cut by the same enzyme, similar sticky ends having same sequences in the single stranded ends will be produced, so that when it is mixed with the previous molecule similarly treated, the two will anneal producing a chimeric DNA or chimeric plasmid, if plasmid DNA is involved (Fig. 39.13). Enzyme DNA ligase helps in joining the bonds at the cut ends of two molecules.

http://www.eplantscience.com/index/genetics/genetic_engineer...

Barend van Zadelhoff Nov 17, 2014:

cleavage vs nick een 'nick' is een breuk:

http://tinyurl.com/k9uyqy3

A nick is a discontinuity in a double stranded DNA molecule where there is no phosphodiester bond between adjacent nucleotides of one strand typically through damage or enzyme action. Nicks allow for the much-needed release of torsion in the strand during DNA replication.

http://en.wikipedia.org/wiki/Nick_(DNA)

freekfluweel Nov 17, 2014:

verknipte knippen ;-)

Michiel Leeuwenburgh (asker) Nov 17, 2014:

Nuttige referenties! Vooral die PNAS-referentie is handig voor het inzicht, met een mooi plaatje (B) op de eerste bladzijde dat het begrip visualiseert. Het gaat dus om een onderbreking in de ene streng en één in de andere streng. 'Verspringend' voor 'staggered' lijkt me dus wel kloppen.
'Verspringende onderbrekingen' misschien? Met 'staggered nicks' tussen haakjes? Ik laat het idee nog even incuberen... ;-)

freekfluweel Nov 17, 2014:

discontinuïteiten a break in one strand of two-stranded DNA caused by a missing phosphodiester bond

http://www.merriam-webster.com/dictionary/nick

http://en.wikipedia.org/wiki/Nick_(DNA)

http://www.bio.davidson.edu/courses/Molbio/MolStudents/sprin...

http://www.pnas.org/content/69/10/3054.full.pdf
(p 3054)

http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_repair
(BER)

http://nl.wikipedia.org/wiki/DNA-schade#Schade_aan_een_enkel...

http://books.google.nl/books?id=e1Xvq62gHY0C&pg=PA136&lpg=PA...

http://sanbiobv.wordpress.com/tag/pcr-methode/

gaten?

http://www.uyttebroek.com/jan/KD_Industria/1336/1336_MolecCe...
(p 6)

https://www.google.nl/webhp?sourceid=chrome-instant&ion=1&es...