в рамках этого судебного процесса сторона соглашается не требовать применения срока давности (видимо, к конкретным случая оплаты стоимости проезда по платной автодороге перевозчиками, но это Вам виднее). Таким образом, если присудят возмещение, присудят за весь рассматриваемый период, вне зависимости от истечения срока давности.

Об "иске" по сроку давности речь не идет, иск здесь один, а в рамках него стороны могут заявлять требования.